部门预算是市场经济国家普遍采用的预算编制方法。随着我国部门预算改革的不断深入，部门预算制度日趋完善，改革的成效正在逐步明显。本文将从理论和实践层面对当前部门预算改革中存在的深层次问题进行分析和阐述，最终提出进一步完善部门预算制度的建议和措施。
一、部门预算改革中存在的问题
（一）财政与部门间的关系难以理顺。部门预算改革的本质特征就是改变了原来按财政资金性质和部门交叉管理的方式，以部门为依托构建新的预算管理体系。从近几年的部门预算改革实践看，财政部门与政府其他部门的关系还没有很好的理顺。
1、部门预算是以部门为主的“被动”预算。我国目前的部门预算主要是依靠部门来编制的，财政部门只是在部门上报预算的基础上，根据财力状况酌情砍压，最终汇总编制财政总预算。相当多的人将其视为部门预算的巨大优点，认为将具体的预算编制工作下放给部门，有利于财政部门腾出时间进行宏观管理。究其实质，则是财政部门无法全面掌握部门的预算资源、预算需求，客观上造成了以部门意见为转移的局面。从西方部分国家部门预算编制看，更多的是一种“主动”预算编制，法国预算局甚至是根据自己掌握的信息直接编制各部门的预算，然后以此与各部门见面商讨。
2、财政在同部门间的博弈中往往处于劣势。财政与部门之间由于职能和分工的不同，它们之间存在着严重的信息不对称，致使财政难以准确了解部门真正需要的资金金额，这就产生了道德风险和逆向选择，部门往往会通过抬高预算额度来欺骗财政部门。财政对政府其他职能部门的道德风险和逆向选择是了解的，总是要凭经验对部门提报预算进行削减。在这种情况下，如果一个部门实事求是的提报自己的资金需求，反倒得不到足够的资金，因为财政部门理所当然地认为它也抬高了价格。在这种共识的指导下，部门提报预算肯定会大大高于实际的资金需求量，也会大大高于政府财力可能，财政在与部门间……